Pe 26 aprilie 2024 se împlinesc 104 ani (1920) de când biologul Emil Racoviţă a înfiinţat la Cluj, împreună cu zoologul francez René Jeannel, stabilit pentru o vreme în acest oraş, primul institut speologic din lume, care în prezent poartă numele biologului român, Institutul de Speologie „Emil Racoviță” din Cluj-Napoca.
Nava oceanografică românească și cea mai mare peșteră din Republica Moldova poartă, de asemenea numele lui Emil Racoviță (15 noiembrie 1868, Iași–17 noiembrie 1947, Cluj). Unui grup de trei insule din Golful Wilhelmina li s-a dat în 1958 numele savantului român, ca recunoaștere pe plan internațional a meritelor sale științifice.
În comuna Dănești, județul Vaslui, a fost amenajată Casa Memorială „Emil Racoviță”.
Emil Racoviță apare în prima fotografie subacvatică ce s-a păstrat până astăzi, realizată de fotograful francez Louis Marie-Auguste Boutan.